Pancreatoblastoma charakteryzuje się wysokim ryzykiem nawrotów i przerzutów. Najczęstsze wzorce progresji obejmują wznowę miejscową w loży po guzie, przerzuty do regionalnych węzłów chłonnych oraz przerzuty do wątroby. Resekcja R0 stanowi kluczowy warunek uzyskania długotrwałego przeżycia, ponieważ jej skuteczność bezpośrednio wpływa na rokowanie.